انتقادات گسترده‌ای از داوری و انتخاب‌های جشنواره فیلم فجر ۴۳ از سوی رسانه‌های مختلف مطرح شده است. برخی منتقدان، از جمله ایمان عظیمی، تصمیمات داوران را غیرمنطقی و تحت تأثیر عوامل غیرسینمایی دانسته‌اند و حذف فیلم‌های باکیفیت مانند «ناتوردشت» و «خدای جنگ» را غیرقابل‌توجیه خوانده‌اند. انتخاب‌هایی مانند تقدیر از فیلم «زیبا صدایم کن» به‌عنوان بهترین فیلم، درحالی‌که در سایر بخش‌ها نامزد نشده بود، نیز انتقاداتی را برانگیخته است.
همچنین، مرجان فاطمی با اشاره به انتخاب‌های بحث‌برانگیز در بخش بهترین بازیگر، عملکرد داوران را «دور از منطق» دانسته و برخی تصمیمات را غیرقابل‌باور توصیف کرده است. افشین علیار نیز جشنواره را پر از فیلم‌های ضعیف و سیاست‌زده دانسته و تأکید کرده که کیفیت آثار فدای ملاحظات دیگر شده است.
در نهایت، جشنواره با حواشی زیادی به پایان رسید؛ برخی هنرمندان مانند مصطفی زمانی جایزه خود را با دیگران تقسیم کردند، و برخی عوامل فیلم‌ها از دریافت جوایز امتناع ورزیدند. این اتفاقات نشان‌دهنده نارضایتی گسترده از نحوه داوری و برگزاری جشنواره است.